Atomエディタを使っていて、webpack等ターミナルから何か実行したいことが多く、terminal-plusという拡張機能を入れて便利に使っていたんですが、Atomをアップデートしたら動かなくなってしまいました。
terminal-plusのGithubでもIssueで投稿されているので、みなさん同じような状況だと思われます。
対応されるまで普通にターミナルでコマンド打ってればいいかな？とも思ったんですが、terminal-plusをフォークして作ったというplatformio-ide-terminalがIssue内で紹介されていたので、こちらを使ってみました。
https://github.com/jeremyramin/terminal-plus/issues/201
自分の環境では特に不具合無く、terminal-plusと同じような感じで使えています。
PlatformIOというのはまた別の機能のようですが、こちらのターミナルは単体で動作するようです。